Pour étudier des écosystèmes modélisés par des réseaux trophiques (décrivant les interactions entre proies et prédateurs), nous proposons une approche d'optimisation comme une alternatives aux méthodes statistiques déjà utilisées. L'utilisation d'indicateurs statistiques convexes nous permet de nous ramener à des programmes mathématiques qui peuvent être résolus efficacement. Nous utilisons la décomposition des flots en chemins et circuits pour aider à l'analyse des écosystèmes, et nous étudions aussi la question de la stabilité du système dynamique sous-jacent. Cette approche est appliquée à un écosystème marin.